МБОУ Балаганская СОШ № 2 открыла свои двери 19 ноября 1961 года.
С 2015 года школа вступает в инновационный режим. Является региональной инновационной площадкой Министерства образования Иркутской области и успешно завершает инновационный проект «Образовательное событие как условие реализации творческого потенциала школьника». С 2021 года на базе школы функционирует Центр образования «Точка роста». С 2023 года вступает в проект Личностно-развивающая образовательная среда как необходимое условие развития личностного потенциала ребенка и педагога.
Сегодня школа – это дружный, активный ученический и педагогический коллектив, где традиции классического образования эффективно сочетаются с инновациями.